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二手商铺买卖税费需要按照3%的税率进行缴纳，商铺买卖的行为也是以获得经济收入为目的的经济性质的行为，故此在专卖或者是购买商铺之后，是需要按照既定的税率缴纳税额的。各个商铺专卖的价格不同，故此缴纳的税额也不同。
一、二手商铺买卖税费怎么缴纳?
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二手商铺买卖税费需要按照3%的税率进行缴纳，具体需要缴纳的税额如下：
(一)买家支付的税费
1、房地产交易手续费：3元/平方米。
2、房屋登记费：550元/本(每增加一本证书按每本10元收取工本费)。
3、权证印花税：5元/本。
4、印花税：房屋产价的0.05%.
5、契税：交易价(或评估价)×3%.
(二)卖家支付的税费
卖家出售的时候，商铺不论年限，都要交纳以下几种税费：
1、房地产交易手续费3元/平方米。
2、印花税：房屋产价的0.05%.
3、土地增值税：
a、可提供上手购房发票的，土地增值税=【转让收入-上手发票价(每年加计5%)-有关税金】×适用税率。
b、不能提供上手购房发票的，土地增值税=(转让收入-转让收入×90%)×30%.
4、个人所得税：
据实征收为(转让收入-房产原值-合理费用)×20%，核定征收为转让收入×7.5%×20%.
转让收入-房产原值-合理费用相当于个人净收入。
5、营业税及附加税：
a、可提供上手购房发票的，为(转让收入-上手发票价)×5.5%.
b、不能提供上手发票的，为转让收入×5.5%.
c、税费为差额的5.56%
6、土地出让金：
商业用途用房，按其网格点基准地价的35%计收;
商业路线价区段路的商业临街宗地，加收路线价的10%;
办公用途用房按其网格点基准地价的30%计收。
7、土地出让金契税：
按本次征收土地出让金价款的3%征收。
二、商铺买卖业主要注意四大问题：
1. 客户的购买能力。首先了解客户是否能够全款购房，如果客户是贷款购房，客户资质是否有问题必须落实，以免签定购房合同之后贷款不能按时到位从而造成买房纠纷。
2. 付款方式。购买商业用房付款方式通常有全款购房、贷款购房、分期付款购房三种形式，尽量要选择全款购房客户，其次是贷款购房，其中贷款购买商铺，目前最高可以贷5成，年限最高为10年;最后是分期付款，尽可能减小卖房所承担的风险。
3. 首付款与尾款间隔时间，时间不宜过长;因为商业用房大部分款项较大，所以变动也较大，所蕴藏的风险也相应较大，因此要尽量缩短首付款和尾款的间隔时间。
4. 支付订金后的违约责任及违约罚则。支付订金之后的违约情况时有发生，所以支付订金后签定的订金收付合同中必须要明确违约责任和违约罚则。
《民法典》第五百八十六条??当事人可以约定一方向对方给付定金作为债权的担保。定金合同自实际交付定金时成立。
定金的数额由当事人约定;但是，不得超过主合同标的额的百分之二十，超过部分不产生定金的效力。实际交付的定金数额多于或者少于约定数额的，视为变更约定的定金数额。
很多的商铺都是由开发商修建的，此后他人可以依照自己的意愿购买。根据规定，不管是首次购买商铺，还是购买二手商铺，都是需要按照既定的税率进行纳税的，并且卖家和买家需要缴纳的税种是存在着差异的，纳税者首先需要确定自己应该缴纳的部分。