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物流公司税率是9%。
1、物流公司作为增值税的一般纳税人，在提供运输服务时，适用的税率为9%；
2、适用税率涵盖公路、铁路、水路、空运和管道运输；
3、小规模纳税人的税率为3%；
4、开具运输发票时，票面金额需按照11%的扣除率计算进项税额的扣除；
5、货物运输业的增值税发票由税务机关专门开具。
物流公司的税务管理：
1、税务登记：物流公司需向税务机关进行税务登记，获取税务登记证；
2、发票管理：物流公司必须使用税务机关认可的发票，并按规定开具；
3、税率应用：物流公司应按照国家规定的税率缴纳税款，如增值税、企业所得税等；
4、纳税申报：物流公司需定期向税务机关申报税务，包括月度、季度和年度申报；
5、税收优惠：物流公司应了解相关税收优惠政策，合理享受税收减免；
6、税务检查：物流公司需配合税务机关进行税务检查，确保税务合规。
综上所述，物流公司作为增值税一般纳税人在提供包括公路、铁路、水路、空运和管道在内的运输服务时，适用9%的税率，而小规模纳税人则适用3%的税率；在开具运输发票时，需按11%的扣除率计算进项税额扣除，且增值税发票由税务机关专门开具。
【法律依据】：
《中华人民共和国增值税暂行条例》
第二条
增值税税率：（一）纳税人销售货物、劳务、有形动产租赁服务或者进口货物，除本条第二项、第四项、第五项另有规定外，税率为17%。（二）纳税人销售交通运输、邮政、基础电信、建筑、不动产租赁服务，销售不动产，转让土地使用权，销售或者进口下列货物，税率为11%：1.粮食等农产品、食用植物油、食用盐；2.自来水、暖气、冷气、热水、煤气、石油液化气、天然气、二甲醚、沼气、居民用煤炭制品；3.图书、报纸、杂志、音像制品、电子出版物；4.饲料、化肥、农药、农机、农膜；5.国务院规定的其他货物。